Platby se do Domkáře vkládají buďto automaticky importem z bankovních aviz, nebo ručním zadáváním. Vložením platby do systému však práce s nimi nekončí. Nyní máme pouze informaci, že nějaká platba proběhla, ale nemáme definováno, jaký má vztah k našim nemovitostem. Musíme ji tedy spárovat s nějakým nájmem nebo domem.
Aby mohl Domkář evidovat neuhrazené nájemné, generuje každý měsíc podle definice nájmů příslušné předpisy pro platby nájemného. Jednoduše součet částek nájemného a záloh na služby. Došlé platby se párují k těmto předpisům, čím máme přehled o tom, které předpisy uhrazeny jsou (a v jaké výši), a které předpisy uhrazené nejsou a tedy se vyváří na nájemném dluh.
Při automatickém importu se Domkář pokouší párovat platby sám, pokud variabilní symbol platby odpovídá variabilnímu symbolu nějakých předpisů. Postupuje systematicky od nejstarších neuhrazených předpisů, s výjimkou těch, u kterých je nastaven příznak "nepárovat". Pokud částka platby převyšuje neuhrazenou výši předpisu, zbytek platby se páruje k druhému nejstaršímu neuhrazenému předpisu atd. Pokud variabilní symbol platby neodpovídá žádnému neuhrazenému předpisu, Domkář vede platbu jako nespárovanou.
Ruční párování plateb je snadné. Uživatel na Stránce Platby rozklikne detail položky tlačítkem Zobraz. Na kartě Předpisy stiskne tlačítko Spáruj a v následném dialogu vybere správný dům, byt a nájemní období. Systém mu zobrazí veškeré neuhrazené předpisy ke zvolenému nájmu a vybere ten nejstarší nespárovaný. Pokud jeho (neuhrazená = nespárovaná) výše je nižší než řešená platba, převyplní výši ke spárování jen do výše nespárované částky předpisu. Tlačítkem Ulož dojde ke spárování.
Oproti došlým , odchozí platby jsou do značné míry nepředvídatelné a proto by vytváření předpisů odchozích plateb práci zbytečně komplikovalo. Odchozí platby se proto párují nikoliv k jednotlivým předpisům, ale k celým domům. Jako bychom měli předpis neomezené výše pro všechny náklady domu a k tomuto předpisu platby párovali.
Vzhledem k tomu, že se zde neřeší variabilní symbol ani výše úhrady, je automatické párování mnohem úspěšnější. Stačí aby dům měl v rámci Domkáře unikátní číslo účtu. To je jeden z důvodů, proč se doporučuje zakládat pro každý dům samostatný provozní účet.
Ruční párování probíhá obdobně jako u došlých plateb. Akorát systém identifikuje platbu jako odchozí a nenabízí tak dialog pro výběr předpisu, pouze výběr domů.